দ্বিজেন দেশের যে প্রান্তেই গেছেন বা থেকেছেন, সেখানেই গাছ লাগিয়েছেন, বাগান করেছেন। ঢাকা, বরিশাল, টাঙ্গাইল, রাজশাহী সর্বত্র এই সন্তানতুল্য উদ্ভিদগুলো তাঁর স্মৃতিস্মারক হয়ে বেঁচে আছে। ঢাকায় তিনি অনেক গাছ রোপণ করেন। ঢাকার সেন্ট্রাল উইমেন্স কলেজ, নটর ডেম কলেজ, রমনা পার্ক, বাংলা একাডেমি, মহানগর পাঠাগার, শিশু একাডেমি, চারুকলা প্রাঙ্গণ, ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়সহ বিভিন্ন স্থানে তাঁর স্মৃতিচিহ্ন গাছগুলো টিকে আছে।